داستان بازی با صحنه ابتدایی لایو-اکشن/CGI آغاز می‌شود که در آن گزارش‌ های خبری از شیوع ویروس در شهر راکون پخش می‌شود، در حالی که دانشمندان آمبرلا روی پروژه جدید خود یعنی نمسیس کار می‌کنند. پس از نمای ابتدایی، کپسولی که نمسیس در آن قرار دارد دیده می‌شود که به یک هلیکوپتر بارگیری می‌شود. پس از آن، جیل والنتاین کابوسی را تجربه می‌کند، جایی که پنجره‌ اش را می‌بندد و وارد حمامش می‌شود. شیر آب سینک را می‌بندد، اما ناگهان خون در سینک می‌چکد. وقتی به بالا نگاه می‌کند، می‌بیند که خود او در حال تبدیل شدن به زامبی است و از ترس عقب میرود و به تاریکی پناه می‌برد. زمانی که دوباره به داخل نور می‌ آید، می‌بیند که به یک زامبی تبدیل شده است. می‌داند که زمان زیادی ندارد، پس یک تپانچه نزدیک خود را برمی‌دارد و لوله اسلحه را روی شقیقه‌ اش می‌گذارد. سپس شلیک می‌کند و بلافاصله از خواب بیدار می‌شود.

بازی در تاریخ ۲۸ سپتامبر، ساعت ۸:۰۷ شب آغاز می‌شود. جیل دوباره بیدار می‌شود و پس از اینکه در حال تحقیق روی آمبرلا در آپارتمان خود بود، یک تماس تلفنی اضطراری از برد ویکرز دریافت می‌کند. او به جیل هشدار می‌دهد که باید فوراً از آنجا خارج شود، اما تماس به طور ناگهانی قطع می‌شود و نمسیس از دیوار عبور می‌کند. جیل به سختی از دست آن فرار می‌کند و به راهرو و آپارتمان دیگری میدود، سپس به راه‌ پله اضطراری می‌رسد. هنگام پایین آمدن، لحظه‌ ای به ویرانی‌ هایی که شهر راکون با آن مواجه شده است نگاه می‌کند، سپس دوباره وارد ساختمان آپارتمان می‌شود. جیل دوباره توسط نمسیس مورد حمله قرار می‌گیرد و تقریباً توسط آن گیر می‌افتدجیل دوباره توسط نمسیس غافلگیر می‌شود و تقریباً گرفتار می‌شود. او ابتدا با یکی از شاخک‌ های نمسیس گیر می‌ افتد و بعد از آن، نمسیس سعی می‌کند با استفاده از آوار ساختمان او را زیر کند، اما جیل موفق می‌شود فرار کند.

جیل با برد مواجه می‌شود که توضیح می‌دهد که هرچند او نمی‌داند آن موجود چیست، اما مطمئن است که به دنبال اعضای .S.T.A.R.S است که در شهر راکون حضور دارند. زامبی‌ ها فنس نزدیک را خراب می‌کنند و این دو مجبور می‌شوند به داخل یک بار پناه ببرند، اما زامبی‌ ها موفق می‌شوند وارد شوند و یکی از آن‌ ها برد را گاز می‌گیرد. برد که متوجه می‌شود زمانی برای تلف کردن باقی نمانده، به جیل می‌گوید که باید فرار کند و نباید مثل او اشتباه کند. در حالی که برد جان خود را فدای مبارزه با زامبی‌ ها می‌کند، جیل تصمیم می‌گیرد که با هلیکوپتر در بالای ساختمان پارکینگ ملاقات کند.

جیل به سمت یک اتاق انباری میرود و با داریو روسو مواجه می‌شود که خود را در یک کانتینر انباری قفل میکند و جیل نمیتواند وی را متقاعد کند که همراهش فرار کند. پس از رسیدن به پارکینگ، جیل از میان چندین زامبی عبور می‌کند و با استفاده از یک آسانسور به پشت بام میرود، جایی که هلیکوپتر منتظر است. اما هلیکوپتر منفجر می‌شود و نمسیس از سایه‌ ها بیرون می‌ آید. جیل از یک ماشین برای برخورد با موجود استفاده می‌کند و آن‌ ها از ساختمان سقوط می‌کنند. جیل موفق می‌شود قبل از انفجار ماشین و سوختن ماسک صورت نمسیس، از خرابه‌ ها خارج شود و برای اولین بار، چهره واقعی تعقیب‌ کننده خود را ببیند.

او توسط کارلوس اولیویرا نجات می‌یابد که از یک راکت‌ لانچر ضد تانک برای ناتوان کردن موقت نمسیس استفاده می‌کند و جیل را به ایستگاه متروی خیابان ردستون می‌برد تا در آنجا پناه بگیرند، در حالی که نمسیس به زانو می‌افتد. کارلوس سپس به جیل می‌گوید که عضو سرویس ضد بحران بیولوژیکی آمبرلا (.U.B.C.S) است. پس از شنیدن این موضوع، جیل به او حمله می‌کند و می‌گوید که آمبرلا مسئول هرج و مرج در شهر راکون است. اما چون هیچ انتخابی ندارد، تصمیم می‌گیرد با کارلوس همراه شود. سپس او را به کاپیتان و رهبر دسته، میخائیل ویکتور معرفی می‌کند که از او می‌خواهد برای تخلیه برخی از بازماندگان با قطار مترو کمک کند. جیل با بی میلی موافقت می‌کند، اما فقط به این دلیل که می‌خواهد شهروندان بی‌ گناه را نجات دهد و نه اعضای .U.B.C.S را. کارلوس سپس یک رادیو به او می‌دهد و به او اطلاع می‌دهد که باید در تماس باشند و همچنین جیل را «سوپرکاپ (اَبَر پلیس)» صدا می‌کند.

جیل به سطح بالای خیابان‌ های راکون سیتی می‌رسد و کارلوس به او دستور می‌دهد که به ایستگاه فرعی برود. وقتی جیل به خیابان اصلی می‌رسد، کارلوس به او می‌گوید که از کوچه عبور کند، اما جیل متوجه می‌شود که کوچه به آتش کشیده شده است. او سپس از خیابان‌ ها و کوچه‌ ها عبور می‌کند تا شلنگ آتش‌ نشانی را پیدا کند و با وصل کردن شلنگ به شیر آتش‌ نشانی، آتش را خاموش می‌کند. وارد ساختمان که می‌شود، مورفی سیکر زخمی را پیدا می‌کند، اما قبل از اینکه بتواند او را درمان کند، نیکولای زینوویف از پشت ظاهر می‌شود و به سر مورفی شلیک می‌کند.

جیل که از این کار شوکه و عصبانی است، با عصبانیت به نیکولای می‌گوید که شاید مورفی آلوده نبوده باشد، اما نیکولای با تمسخر به او جواب می‌دهد که تمام اعضای .S.T.A.R.S ضعیف هستند و پیشنهاد می‌دهد که به ایستگاه مترو برگردد، زیرا آن‌ ها نیازی به «دل رحم‌ هایی مثل او» ندارند که در کارشان مزاحمت ایجاد کند. جیل به مسیر خود ادامه می‌دهد و متوجه می‌شود که یک لانه شبیه به پیله روی کابل‌ ها قرار دارد. جیل سپس توسط یک کندوی درِین دیموس مورد حمله قرار می‌گیرد و یکی از آن‌ ها به زور باردارش می‌کند، اما او موفق می‌شود لاروی که در حال رشد بود را بکشد و مدارشکن‌ ها را دوباره تنظیم کند.

این کار باعث بازگشت برق به ایستگاه فرعی و منطقه شهری می‌شود و لانه را نابود می‌کند. پس از برگشت، جیل دوباره توسط نمسیس تعقیب می‌شود و پس از اینکه به طور ناچاری از آن می‌گریزد، به کارلوس اطلاع می‌دهد که نمسیس هنوز زنده است. کارلوس به او می‌گوید که به ایستگاه برگردد، اما جیل تا زمانی که کنترل ترافیک را دوباره فعال نکرده باشد، نمی‌خواهد برگردد. در نهایت به مقصد خود می‌رسد و کارلوس به او دستور می‌دهد که مسیر از خیابان ردستون به ایستگاه فاکس پارک را ترسیم کند. جیل این کار را انجام داده و به ایستگاه برمی‌گردد.

جیل سپس با کارلوس ملاقات می‌کند. نیکولای و تایرل پاتریک ظاهر می‌شوند و نیکولای به آن‌ ها اطلاع می‌دهد که هیچ شانسی برای جنگیدن و خروج از شهر وجود ندارد، زیرا مملو از موجودات آلوده به ویروس T است. نیکولای متوجه حضور جیل می‌شود و دوباره او را مسخره می‌کند و به کارلوس می‌گوید که او غیرقابل‌ اعتماد است و باعث مرگ او خواهد شد. ناگهان نمسیس به ایستگاه حمله می‌کند، بنابراین جیل دروازه را می‌بندد و تصمیم می‌گیرد که خودش را طعمه کند تا توجه نمسیس را منحرف کرده و برای دیگران زمان بخرد. او نمسیس را به سمت خود می‌کشاند و از طریق یک دریچه تهویه به فاضلاب فرار می‌کند.

جیل سعی می‌کند با کارلوس تماس بگیرد، اما سیگنالی دریافت نمی‌کند و تصمیم می‌گیرد به سطح زمین برود. او از طریق فاضلاب حرکت می‌کند تا وارد شهر شود و هنگام جستجو، با تعداد زیادی هانتر گاما مواجه می‌شود که توسط دکتر لوگان کارلایل، یکی از دانشمندان آمبرلا، به‌ طور مخفیانه به راکون سیتی منتقل شده بودند. او از اجرای دستور آمبرلا برای نابودی این سلاح‌ های بیولوژیکی ناموفق سر باز زده بود و سعی داشت آن‌ ها را به شعبه اروپایی آمبرلا بفروشد. جیل موفق می‌شود به سطح شهر برسد و دوباره با کارلوس تماس می‌گیرد. کارلوس که خوشحال است و میشنود جیل زنده مانده، به او می‌گوید که به‌ محض بازگشت، شهر را ترک خواهند کرد.

او سعی می‌کند به سطح خیابان برسد، اما متوجه می‌شود که نمسیس بار دیگر او را ردیابی کرده است. این بار، نمسیس سر او را می‌گیرد و به بیرون پرتابش می‌کند. سپس با یک شعله‌ افکن جدید، جیل را تعقیب می‌کند و او را مجبور می‌کند تا با بالا رفتن از ساختمان از حملاتش فرار کند. جیل در نهایت به پشت‌ بام فرار کرده و مجبور می‌شود با نمسیس مبارزه کند. او مخزن سوخت شعله‌ افکن را منفجر کرده و در نهایت آن را از پا درمی‌آورد. جیل تصور می‌کند که نمسیس مرده است و به کارلوس اطلاع می‌دهد که نابود شده است. سپس از طریق مغازه اسلحه‌ فروشی کندو به ایستگاه می‌رود. هنگام ورود، رابرت کندو که مسلح است به او حمله می‌کند، اما جیل با دیدن اینکه رابرت سالم است، آرام می‌شود. او از کندو می‌خواهد که همراهش بیاید، اما کندو امتناع می‌کند و به او اطمینان می‌دهد که حالش خوب خواهد بود و خداحافظی می‌کند.

مدتی بعد، جیل دوباره مورد حمله نمسیس قرار می‌گیرد، این بار با یک راکت‌ انداز مجهز به سیستم هدف‌ گیری لیزری. نمسیس همچنان او را تعقیب می‌کند. کارلوس دوباره با او تماس گرفته و می‌گوید که فرار کند و اینکه راهی برای کند کردن نمسیس پیدا کرده، اما جیل باید او را به ایستگاه مترو بکشاند. نمسیس به روش‌ های مختلفی برای کشتن جیل متوسل می‌شود، اما هنگامی که جیل به ایمنی ایستگاه مترو می‌رسد، متوقف می‌شود. در همین لحظه، کارلوس با شلیک به یک تانکر بنزین، انفجاری ایجاد کرده و نمسیس را به عقب میراند. سپس آن‌ ها وارد ایستگاه شده و با دیگر اعضای .U.B.C.S ملاقات می‌کنند. میخائیل از عملکرد جیل تمجید کرده و به او می‌گوید که سوار قطار شود. همزمان، او دستور می‌دهد که کارلوس و تایرل به شهر بازگردند و دکتر ناتانیل بارد را پیدا کنند، زیرا تحقیقات او روی واکسن می‌تواند شهر را نجات دهد. نیکولای که داخل قطار منتظر است، جیل را تحسین کرده و به او می‌گوید که کم‌کم یاد می‌گیرد که تنها چیزی که مهم است، بقای خودش است. سپس میخائیل وارد شده و عملیات فرار از شهر آغاز می‌شود.

در ساعت ۲:۱۱ بامداد در ۲۹ سپتامبر، نیکولای از میخائیل می‌پرسد که آیا فکر می‌کند دکتر بارد هنوز زنده باشد، اما میخائیل با بدبینی پاسخ می‌دهد و نگرانی خود را از نیت‌ های پنهانی نیکولای ابراز می‌کند. نیکولای تنها با پوزخندی واکنش نشان می‌دهد، دقیقا قبل از اینکه نمسیس ناگهان به قطار حمله کرده و تمام غیرنظامیانی که در آن پناه گرفته بودند را بکشد. جیل که از این اتفاق خشمگین شده، تلاش می‌کند به آن حمله کند، اما میخائیل او را متوقف کرده و دستور می‌دهد که به انتهای قطار برود. نیکولای در همین لحظه درب را قفل کرده و جیل را همراه با میخائیل مجروح و نمسیس درون واگن گیر می‌اندازد. نمسیس با شاخک خود میخائیل را گرفته و زخمی می‌کند، اما میخائیل در آخرین اقدام قهرمانانه‌ اش، از یک بمب C4 برای منفجر کردن نمسیس استفاده کرده و خود را فدا می‌کند. انفجار باعث جدا شدن واگنی که جیل در آن است می‌شود. قطار از ریل خارج شده و جیل به دیوار قطار برخورد می‌کند. شدت ضربه باعث بیهوشی او می‌شود.

بیست و سه دقیقه بعد، کارلوس و تایرل به ایستگاه پلیس راکون سیتی (.R.P.D) می‌رسند و به سمت قبرستان موقت حرکت می‌کنند. در راه شاهد هستند که ستوان ماروین برانا توسط برد که به زامبی تبدیل شده گاز گرفته می‌شود. ماروین سپس به ایستگاه بازگشته و درب جلویی را قفل می‌کند. پس از کشتن برد، آن‌ها وارد ایستگاه پلیس شده و به دنبال دکتر بارد می‌گردند. طبق اطلاعاتی که میخائیل دریافت کرده، او در دفتر .S.T.A.R.S پنهان شده است. کارلوس در مسیرش با لیکرها و زامبی‌ هایی که ایستگاه را تصرف کرده‌ اند روبه‌رو می‌شود، اما موفق می‌شود به دفتر برسد و با بارد تماس بگیرد. بارد توضیح می‌دهد که موفق شده فرار کند، اما اکنون در بیمارستانی گرفتار شده که پر از زامبی‌ ها و .B.O.W ها است. او فاش می‌کند که آمبرلا در حال کشتن تمام محققان است، زیرا آن‌ ها شاهدانی هستند که می‌توانند اسرار غیرقانونی این شرکت و نقش آن در شیوع ویروس را افشا کنند. او از آن‌ها می‌خواهد که هر چه زودتر نجاتش دهند و سپس تماس را قطع می‌کند. تایرل تلاش می‌کند با هک کردن کامپیوتر، مکان دقیق بارد را شناسایی کند، در حالی که کارلوس پیامی از جیل دریافت می‌کند. جیل با صدایی پریشان می‌گوید که همه سرنشینان قطار مرده‌ اند و نیکولای آن‌ ها را به حال خود رها کرده است. سپس تماس به‌ طور ناگهانی قطع می‌شود. کارلوس بلافاصله برای یافتن جیل حرکت می‌کند، در حالی که تایرل در مقر باقی می‌ماند تا مکان دکتر بارد را ردیابی کند. ساعت ۴:۴۳ صبح است.

چند دقیقه قبل، جیل از واگن قطار مترو بیرون میخزد و متوجه می‌شود که تنها بازمانده از حادثه خروج قطار از ریل است. او تلاش می‌کند تا با کارلوس تماس بگیرد اما خارج از محدوده است. او موفق می‌شود به پارک شهر، نزدیک میدان برج ساعت سنت مایکل برسد و در همین حین، نعره‌ های دردناک نمسیس را می‌شنود. جیل از روی پل عبور می‌کند و می‌بیند که نمسیس در حال سوختن است و از کناره در رودخانه سقوط می‌کند. سپس با کارلوس تماس می‌گیرد و او را در جریان اتفاقاتی که پس از رفتنش رخ داده قرار می‌دهد. در میان مکالمه، ناگهان نمسیس جهش‌ یافته که از رودخانه بیرون آمده و به او حمله می‌کند. این هیولا اکنون پوشش موقتی خود را از دست داده و به موجودی وحشی و چهارپا با چنگال‌ های غول‌ پیکر تبدیل شده است. جیل از او فرار می‌کند اما در میدان برج ساعت گیر می‌افتد و مجبور به مبارزه می‌شود. پس از درگیری طولانی، جیل با استفاده از گلوله‌ های انفجاری، او را زمین‌ گیر می‌کند، اما قبل از اینکه بتواند منطقه را ترک کند، نمسیس دوباره به او حمله کرده و پایش را می‌گیرد. جیل با شلیک به زنجیری که یک دروازه فلزی سنگین را نگه داشته، باعث می‌شود دروازه سقوط کرده و دست نمسیس را قطع کند. اما نمسیس دست خود را به شکل یک شاخک بازسازی کرده و با فرو کردن یک خار استخوانی در بازوی جیل، او را آلوده می‌کند. هر دو به زمین می‌افتند و بیهوش می‌شوند. نیکولای ظاهر شده و با لبخند از جیل بابت “لطف بزرگی” که در حقش کرده، تشکر می‌کند.

نیم‌ روز بعد، کارلوس جیل را پیدا کرده و برای یافتن درمانی برای او، به بیمارستان اسپنسر مموریال میروند. او از طریق رادیو به تایرل اطلاع می‌دهد که آنجا با هم ملاقات خواهند کرد. در تاریخ ۲۹ سپتامبر ساعت ۹:۲۰ شب، کارلوس به بیمارستان می‌رسد و جیل را روی تخت یکی از اتاق‌ های موقت بستری می‌گذارد، سپس برای یافتن واکسن به جست‌وجو می‌پردازد. او دفتر دکتر ناتانیل بارد را پیدا کرده و برای ورود به آن، یک دستگاه ضبط صوت و نوار صوتی حاوی صدای بارد را پیدا می‌کند. در این نوار، پرستاری جوان از بارد می‌پرسد که چرا برخی اسناد در دفتر او قرار دارند، اما بارد با غرور و خود بزرگ‌ بینی به او پاسخ داده، به حرفه‌ اش توهین کرده، او را تحقیر می‌کند و دستور می‌دهد که برود و به کارهای پیش‌ پا افتاده‌ اش برسد. پس از ورود به دفتر، کارلوس متوجه می‌شود که بارد با شلیک گلوله‌ ای به سرش کشته شده است، اما او نمی‌داند که این کار توسط نیکولای انجام شده. سپس کارلوس کامپیوتری پیدا می‌کند که ویدیویی ضبط‌ شده از ساعت ۱۱ شب ۲۹ سپتامبر در آن وجود دارد. در این ویدیو، بارد افشا می‌کند که تمام رنج و نابودی راکون سیتی با انتشار یک سلاح بیولوژیکی به نام ویروس T آغاز شده است. او توضیح می‌دهد که شرکت آمبرلا این ویروس را ساخته و تیم تحقیقاتی آن‌ ها موظف به ساخت واکسن شده‌ اند. بارد فاش می‌کند که یک نمونه از واکسن در دفترش قرار دارد و باقی واکسن‌ ها در یک تأسیسات زیرزمینی نگهداری می‌شوند. او همچنین توضیح می‌دهد که هیئت‌ مدیره شرکت قصد دارد تمام واکسن‌ ها را از بین ببرد تا هرگونه مدرکی از وجود ویروس محو شود. ویدیو در لحظه‌ ای پایان می‌یابد که بارد صدایی مشکوک را در بیرون از اتاقش می‌شنود.

با دیدن این افشاگری، کارلوس شگفت‌ زده می‌شود که جیل با وجود دانستن حقیقت درباره آمبرلا، همچنان به او اعتماد کرده است. او واکسن را برداشته و با عجله به سمت جیل برمی‌گردد و واکسن را به او تزریق می‌کند. مدتی بعد، تایرل به بیمارستان می‌رسد و تلویزیون را روشن می‌کند، جایی که اطلاعیه‌ ای پخش می‌شود مبنی بر اینکه در تاریخ ۳۰ سپتامبر، شیوع بیماری غیرقابل‌ کنترل شده و در تاریخ ۱ اکتبر، دولت ایالات متحده حمله موشکی را برای نابودی ویروس و شهر راکون سیتی آغاز خواهد کرد. در این اطلاعیه، به بازماندگان هشدار داده می‌شود که قبل از موعد مقرر از شهر فرار کنند. ناگهان زامبی‌ ها بیمارستان را محاصره می‌کنند. کارلوس برای محافظت از جیل، به بیرون رفته و با موجودات مبارزه می‌کند، تا زمانی که تایرل بتواند سیستم امنیتی بیمارستان را هک کرده و درها را قفل کند. زامبی‌ ها به سمت در اصلی حمله می‌کنند و هجوم می‌آورند. کارلوس برای جلوگیری از ورود آن‌ ها، از یک بمب C4 برای فرو ریختن یک ستون و بستن ورودی استفاده می‌کند. سپس به داخل بازمی‌گردد و به تایرل می‌گوید که باید با کسی در دولت تماس بگیرد تا حمله موشکی را به تأخیر بیندازد، در حالی که خودش به دنبال راهی برای درمان جیل و نجات شهر می‌گردد.

جیل از خواب بیدار می‌شود و کارلوس را در کنار خود می‌بیند. او به جیل می‌گوید که شهر اکنون امن است و همه چیز بالاخره تمام شده است. اما ناگهان، کارلوس سرفه می‌کند و خون بالا می‌آورد. جیل با وحشت متوجه می‌شود که او در حال تبدیل شدن به یک زامبی است. کارلوس که میداند سرنوشتش اجتناب‌ ناپذیر است، از جیل التماس می‌کند که ماشه را بکشد و او را از این وضعیت نجات دهد. اما جیل نمی‌تواند این کار را انجام دهد. ناگهان، کارلوس که کاملاً زامبی شده، به او حمله می‌کند و او را می‌خورد… جیل فریاد زنان از خواب می‌پرد! او متوجه می‌شود که این فقط یک کابوس بوده است و به زخم خود نگاه می‌کند که حالا تحت درمان قرار گرفته است، سپس توجهش به تلویزیون جلب می‌شود. تاریخ اکنون ۱ اکتبر، ساعت ۱۲:۰۳ بامداد است؛ فقط چند ساعت تا حمله موشکی باقی مانده.

جیل از بیمارستان بیرون میرود و تایرل را پیدا می‌کند که هنوز در تلاش است با کسی که مجوز لغو حمله موشکی را دارد، تماس بگیرد. او به جیل اطلاع می‌دهد که کارلوس به تأسیسات زیرزمینی رفته تا مقادیر بیشتری از واکسن را جمع‌ آوری کند؛ واکسنی که می‌تواند به نجات شهر امیدی دوباره ببخشد. جیل مصمم می‌شود که به دنبال او برود و در مسیرش به یک مجموعه مخفی می‌رسد که به یک تأسیسات زیرزمینی منتهی می‌شود. او در آنجا نیکولای را می‌بیند که با دقت او را زیر نظر دارد. او سعی می‌کند نیکولای را تعقیب کند، اما نیکولای از دیدرس فرار می‌کند. جیل دوباره با تایرل ملاقات می‌کند که بالاخره موفق شده است با دولت تماس بگیرد. به او اطلاع داده می‌شود که در صورتی که آن‌ ها بتوانند واکسن را تحویل دهند، حمله موشکی لغو خواهد شد. آن‌ ها تصمیم می‌گیرند پیش بروند، اما ناگهان دوباره با نمسیس جهش‌ یافته روبه‌رو می‌شوند. این موجود وحشیانه به تایرل حمله می‌کند، او را ناتوان کرده و با شاخک‌ هایش او را از بین می‌برد. تایرل در آخرین لحظات از جیل می‌خواهد که ادامه دهد و واکسن را نجات دهد. نمسیس سپس جسد بی‌ جان تایرل را پرتاب می‌کند. جیل با سرعت فرار کرده و در را پشت سر خود قفل می‌کند.

جیل وارد تأسیسات NEST2 می‌شود، در ساختمان پیشروی کرده و موفق به سنتز واکسن می‌شود. اما درست زمانی که فکر می‌کند همه‌ چیز روبه‌راه است، بار دیگر مورد حمله نمسیس قرار می‌گیرد. پس از یک تعقیب و گریز خطرناک، جیل به مرکز دفع زباله می‌رسد. نمسیس او را دنبال می‌کند اما در آخرین لحظه سقوط می‌کند. جیل تلاش می‌کند که خودش را از لبه‌ های لغزنده نجات دهد، اما ناگهان واکسن از دستانش رها شده و سقوط می‌کند. در این لحظه، نیکولای ظاهر می‌شود و پیشنهاد معامله‌ ای به جیل می‌دهد. او می‌گوید که اگر جیل پایین برود و با نمسیس بجنگد، او این نبرد را ضبط کرده و داده‌ های جنگی آن را به فروش می‌رساند. در عوض، اگر جیل زنده بماند، واکسن را به او باز می‌گرداند. سپس نیکولای جیل را به پایین پرتاب می‌کند و نبردی مرگبار با نمسیس آغاز می‌شود. کارلوس نیز از راه میرسد و به جیل در نبرد کمک می‌کند. آن‌ ها با استفاده از تسلیحات سنگین، به نمسیس آسیب جدی می‌زنند. در نهایت، کارلوس جرثقیلی را رها می‌کند تا جیل بتواند بالا برود، اما درست وقتی که او در حال بالا رفتن است، نمسیس برای حمله دوباره تلاش می‌کند. کارلوس با مهارت جرثقیل را کنترل کرده و نمسیس را با آن له می‌کند. سپس او مخزن‌ های پر از حلال‌ های شیمیایی را آزاد می‌کند و محل را غرق در مواد شیمیایی می‌کند. نمسیس که در معرض این مواد شیمیایی قرار می‌گیرد، به آرامی در میان توده‌ ای از خون و گوشت ذوب می‌شود و سرانجام نابود می‌شود…

پس از نابودی نمسیس، کارلوس جیل را روی زمین می‌گذارد و به او می‌گوید که جلوتر منتظرش خواهد بود. جیل به تعقیب نیکولای ادامه می‌دهد و وقتی به او میرسد، اسلحه را به سمتش نشانه می‌گیرد و از او می‌خواهد که واکسن را تحویل دهد. اما نیکولای با خونسردی امتناع می‌کند. در همین لحظه، ناگهان نمسیس که اکنون به یک توده عظیم جهش‌ یافته تبدیل شده، وارد اتاق می‌شود. نیکولای که از این صحنه حیرت‌ زده شده، لبخندی میزند و می‌گوید که داده‌ های این موجود می‌توانند میلیون‌ ها دلار ارزش داشته باشند، سپس به جیل آرزوی موفقیت کرده و فرار می‌کند. کارلوس از راه می‌رسد و جیل به او می‌گوید که نیکولای را تعقیب کند، در حالی که خودش باید با نمسیس برای آخرین بار روبه‌رو شود. کارلوس درخواست او را قبول کرده و به سمت بام ساختمان میدود.

جیل به سمت یک محفظه امنیتی می‌رود و آن را باز می‌کند. درون آن، یک سلاح قدرتمند به نام FINGeR (Railgun نسل جدید برای پیاده‌نظام مغناطیسی) قرار دارد. او آن را فعال کرده و با تمام قدرت به سمت نمسیس شلیک می‌کند. انرژی تخریب‌گر این سلاح، بدن عظیم هیولا را از هم می‌درد. اما هنوز زنده است. جیل با خونسردی به او نزدیک می‌شود، سرلوله‌ی ریل‌گان را درون دهانش فرو می‌برد و شلیک نهایی را انجام می‌دهد، نمسیس در یک انفجار عظیم از بین می‌رود و برای همیشه نابود می‌شود. پس از نابودی نمسیس، جیل دوباره به تعقیب نیکولای ادامه می‌دهد و او را روی بام ساختمان پیدا می‌کند. کارلوس از قبل به آنجا رسیده، اما بی‌ هوش روی زمین افتاده است. نیکولای ناگهان به جیل حمله می‌کند و اسلحه‌ اش را از دستش پرت می‌کند. سپس با خونسردی قوطی واکسن را به سمت او پرتاب می‌کند، اما ناگهان با شلیک گلوله‌ ای آن را نابود کرده و شهر را به سرنوشتش می‌سپارد. جیل که از این کار او خشمگین شده، از نیکولای می‌پرسد که آیا متوجه شده چه فاجعه‌ ای را رقم زده است؟ اما او فقط با بی‌ اعتنایی پاسخ می‌دهد که برایش اهمیتی ندارد، زیرا کارفرمایش از او خواسته که آمبرلا را نابود کند.

نیکولای اسلحه‌ اش را بالا می‌آورد تا جیل را بکشد، اما در همان لحظه کارلوس به او حمله می‌کند. هر دو مرد درگیر مبارزه‌ ای شدید می‌شوند. کارلوس موفق می‌شود نیکولای را در حالت خفه شدن نگه دارد و فریاد میزند که جیل باید شلیک کند. جیل ابتدا تردید دارد، زیرا ممکن است کارلوس را نیز زخمی کند، اما در نهایت تصمیم می‌گیرد و شلیک می‌کند. گلوله به شانه نیکولای برخورد کرده و او را نقش زمین می‌کند. کارلوس زخمی شده اما زنده میماند. جیل به سمتش میدود و کارلوس به شوخی می‌گوید که نمیتوانسته او را در جهانی بدون خودش تنها بگذارد، زیرا این خیلی بی‌رحمانه می‌شد. جیل سپس دوباره از نیکولای می‌پرسد که چرا واکسن را نابود کرد. او پاسخی مبهم می‌دهد و وقتی جیل از او می‌پرسد که برای چه کسی کار می‌کند، نیکولای پیشنهاد می‌دهد که اگر او را نجات دهند، همه چیز را خواهد گفت و حتی به آن‌ ها پول خواهد داد. اما جیل که حالا دیگر تصمیمش را گرفته، او را روی بام رها می‌کند. نیکولای از او التماس می‌کند که اگر او بمیرد، هرگز نخواهد فهمید که واقعاً چه اتفاقی افتاده است. اما جیل با خونسردی پاسخ می‌دهد: “عیبی ندارد، کمی کار آگاهی می‌تواند جالب باشد.” او و کارلوس سوار هلیکوپتر شده و شهر را ترک می‌کنند، در حالی که نیکولای پشت سرشان جا میماند و با شهر راکون برای همیشه ناپدید می‌شود…

کمی بعد، آن‌ ها در حومه شهر هستند، در حالی که جیل شاهد شلیک یک موشک از سوی دولت ایالات متحده است. راکون سیتی سپس با یک بمب گرمافشاری نابود می‌شود و موج انفجار، مسیر هلیکوپتر را مختل می‌کند. اکنون در حالی که کارلوس در استراحت است، جیل با افکار خود تنها می‌ماند. او احساس پوچی و سرما می‌کند، در حالی که موج انفجار آن‌ ها را در بر می‌گیرد و با خود می‌ اندیشد که اگر طمع انسانی وجود نداشت، می‌شد از تمام این مرگ‌ ها و فجایع جلوگیری کرد. او تصمیم می‌گیرد که خاکسترهای این شهر، خاکسترهای آمبرلا نیز خواهند شد و با عزمی راسخ برای نابودی آمبرلا به خاطر اعمال غیرقانونی‌ اش مصمم می‌شود.

صحنه پس از تیتراژ، فردی ناشناس (که احتمالاً جیل است) را نشان می‌دهد که قوطی شکسته واکسن را از روی یک میز برمی‌دارد و با خود میبرد.